Ряд виднейших буддийских учителей Тибета обитал при дворе монгольских владык. Это позволило не только избежать полного разорения Тибета монголами, но и сделало тибетскую традицию международной, принятой всеми монгольскими народами (монголы, буряты, ойраты и затем калмыки, тувинцы), что со временем содействовало значительному изменению нравов кочевников в сторону уважения к чужой жизни, к духовным идеалам и учёности.

Хан Хубилай

В 1227 году войска Чингис-хана полностью уничтожили тангутское государство Си Ся, расположенное непосредственно к северу от Тибета, и установили на его территории прямое правление. В 1239 году сын Великого хана Угедея, Годан-хан, ставка которого располагалась вблизи Ланьчжоу, отправил в Тибет боевую разведывательную экспедицию под командованием Легдже и Дорда-дархана. По возвращении Дорда-дархан доложил, что в Тибете несколько буддийских школ, из которых самая влиятельная — школа Сакья.

В 1245 году в ставку Годана прибыл по его приглашению Сакья-пандита (1182—1251), глава школы Сакья, со своим юным племянником Пагба-ламой (1235—1280). Сакья-пандита был известным буддийским учителем, написавшим множество трудов буддийской традиции. Он обосновался при дворе Годана, проповедовал гуманистические основы буддизма в среде монгольской знати и вплоть до своей смерти обеспечивал своим авторитетом невмешательство Монгольской империи в дела Тибета, с одной стороны, и выплату дани тибетцами монголам, с другой стороны. Он сформулировал принцип «чой-йонг», «наставник - покровитель», в рамках которого духовный авторитет превосходит светскую власть, и соответственно Тибет не вассальная территория империи, а опекаемая империей резиденция духовного наставника государства. Для монголов, которые согласно Ясе Чингис-хана как правило относились ко всем религиям с уважением и не облагали налогами монастыри и церкви, эта позиция оказалась понятной. Невыплата налогов отдельными светскими правителями привела к монгольскому карательному вторжению в Тибет только в 1251, после смерти Сакья-пандиты.

В 1253 году Сакья-пандита был приглашён будущим императором Хубилаем в Пекин, но поскольку он уже умер, вместо него Годан отправил к Хубилаю подростка Пагба-ламу. в 1260 году, когда Хубилай провозгласил себя императором и основал династию Юань, Пагба-лама стал «наставником государства», распространив таким образом авторитет тибетского буддизма на территорию Монгольской империи, частью которой стал Китай. Хубилай использовал тибетский буддизм для противостояния ассимиляции со стороны китайской культуры в лице даосизма и конфуцианства. В частности, Пагба-лама по его заданию создал т. н. квадратное письмо, призванное служить единой системой записи всех языков империи (в первую очередь на монгольском, тибетском, уйгурском и китайском). Хубилай вручил Пагба-ламе духовное руководство Тибетом (13 областей Уя, Цзана и Кхама), с правом назначения Пагба-ламой светского правителя. Около 70 лет Тибет был теократическим государством под властью иерархов Сакья. Очередное нападение монголов на Тибет случилось в 1281 году, поскольку до них дошли доносы о том, что Пагба-лама был отравлен приближёнными назначенного им светского правителя Тибета, Гунга-Сангпо.

При Хубилае была проведена серия переписей населения в Тибете и создана цепь из 27 уртонных (ямских) станций между монастырём Сакья и Ханбалыком (Пекином). Хубилай учредил в 1288 году ведомство по тибетским делам, Цзунчжиюань. Монгольские императоры выделяли средства на ремонт монастырей (помимо императорских подарков Пагба-ламе, которые он раздавал тибетским иерархам во время визитов на родину).

При дворах монгольских владык присутствовали иерархи Карма Кагью с центром в Цурпху, но их позиция не была стабильной. Иногда они становились приближёнными при монгольском дворе. Карма-бакши (1204—1283) обитал при монгольском дворе в Каракоруме, и во время междоусобицы между Хубилаем и Ариг-Бугой оказался на стороне последнего, а когда Ариг-Буга проиграл, Карма-бакши был репрессирован.

Карма Кагью приобрела влияние при последнем монгольском императоре в Пекине - Тогон-Тэмуре, и Кармапа Ранчжунг-Дордже принимал участие в его коронации, а юный Ролбэй-Дордже обучал императора в течение 3 лет. В 1368 году народное восстание привело к отделению Китая от Монгольской империи. Тогон-Тэмур спасся бегством в монгольскую степь, где в 1370 году умер.

Дрикунг-Кагью также претендовала на главенство в Тибете. В 1290 году между Сакья и монастырём Дрикунг начался вооружённый конфликт, который вызвал очередное прямое вмешательство монголов, разбивших сторонников Дрикунг в битве при Пэмо-Танге.

Дрикунг остался центром противостояния Сакья, и на фоне ослабления монгольской империи Юань в 1354 выходец из рода, связанного с Дрикунг, Чангчуб-Джалцан стал фактическим светским главой Тибета.