Маньчжурский император Айсиньгиоро Сюанье, правивший под девизом «Канси», ставил своей целью разгром Джунгарского ханства и покорение Тибета. Политическая обстановка в этих странах облегчала реализацию политики Пекина. В 1705—1710 годах в Тибете разгорелась вооружённая борьба за власть между хошутским правителем Лхавзан-ханом и тибетским регентом Сангье-гьяцо (Санчжай Чжамцо). Пытаясь установить своё влияние в Тибете, Сюанье поддержал хошутов. В Пекине хорошо понимали, что цинское господство в Монголии не может быть прочным без его религиозной поддержки из Лхасы, без благожелательного для маньчжуров воздействия далай-лам на ламаистскую церковь Монголии. Тем не менее, на данном этапе Сюанье стремился ослабить правителей Лхасы руками хошутов, чтобы впоследствии подчинить и тех, и других.

В Джунгарии после смерти Галдана ойратским ханом стал его племянник Цэван Рабдан. Он вновь объединил все четыре ойратских аймака, восстановив распавшееся было Джунгарское ханство. Будучи сторонником независимости, новый хан отклонил неоднократные предложения Сюанье стать «данником» богдохана. Обе стороны активно готовились к новой схватке. Цэван Рабдан потребовал от Сюанье вернуть захваченные у Галдана земли к востоку и северу от Латая. В Пекине отвергли это требование. Со своей стороны, император настаивал на предоставлении самостоятельности каждому из четырёх княжеств-аймаков. Это значило фактически взорвать изнутри единство Ойратского государства и предельно ослабить центральную власть хана на фоне феодальной раздробленности. Естественный отказ Цэван Рабдана ускорил схватку. В 1715 году началась вторая война между Цинской империей и Джунгарским ханством, которая велась с переменным успехом, не давая явного перевеса ни одной из сторон.

Цэван Рабдан силами своего вассала Цэрэн Дондуба-старшего в 1717 году захватил Тибет. Воспользовавшись этим, Сюанье в 1720 году направил в Лхасу две колонны войск — из Сычуани и Цинхая — под командованием Гэрби и Янь Синя, конницу халхаских князей, а также поднял против ойратов тибетское ополчение из районов нынешнего Сикана. Потерпев поражение, ойраты ушли из Тибета, что усилило влияние Цинской империи в Центральной Азии. После разгрома и изгнания ойратов маньчжуры оставили в Лхасе двухтысячный монгольский гарнизон. Тибетское правительство и новый далай-лама до 1723 года оказались под контролем его коменданта.

Следующий маньчжурский император, Айсиньгиоро Иньчжэнь, всемерно усиливал свой контроль над Тибетом, хотя с 1723 по 1727 годы осуществлял отвод цинских войск из Лхасы. С его завершением в Тибете началась междоусобица. Для подавления начавшегося восстания Иньчжэнь направил во второй поход в Тибет 15 тысяч солдат из Сычуани, Шэньси и Юньнани. К моменту их прихода наследственный аристократ Полонай со своей девятитысячной армией уже стабилизировал положение. В награду за это он в 1728 году получил княжеский титул и право управления всей страной. Для постоянного контроля над Тибетом Иньчжэнь оставил в Лхасе двух цинских министров-резидентов и тысячный гарнизон.

Внутренние события в Тибете ускорили покорение его маньчжурами при следующем императоре — Айсиньгиоро Хунли (правил под девизом «Цяньлун»). Умершему Полханасу в 1747 году наследовал его сын Чжурмэд-Намчжал (Джурмэ-Намгэ). Стремясь освободиться от маньчжурского контроля, он задумал вооружённое выступление, стал собирать войска якобы для борьбы с ойратами и установил связь с джунгарскими князьями. В 1750 году маньчжурские наместники убили Чжурмэд-намчжала. Это привело к народному восстанию в Лхасе и расправе над маньчжурами. В ответ Хунли организовал третий поход цинских войск на Тибет. В 1751 году, стремясь ещё больше разобщить страну, он передал управление ею уже не двум лицам, а четырём министрам-правителям, подчинив их далай-ламе. Ханские и княжесткие титулы упразднялись. По всем важным делам министры-правители должны были «советоваться» с наместниками; права последних расширились, а цинский гарнизон в Лхасе был увеличен. Всякие связи с Джунгарским ханством запрещались. Многие авторы (исходя в основном из китайских источников) считают, что Тибет стал частью империи Цин, другие доказывают, что он стал зависимым государством, а не частью Китая .

Тибет не имел собственной чеканной монеты, и пользовался старой непальской (мохар). После завоевания непальских княжеств королевством Горкха, его правитель Притви Нараян Шах изъял в 1769 году старую и ввёл новую монету. Начались переговоры о внедрении в Тибете нового мохара и о его курсе, но они не дали результатов. Тогда правитель Непала и его регент Батур Се послали войска, которые, захватив несколько тибетских населённых пунктов, вынудили власти Лхасы выплачивать ежегодную контрибуцию. После завоевания в 1789 году Сиккима гуркхи снова подняли вопрос о денежном обращении и контрибуции. В 1791 году они вторглись в Западный Тибет и заняли ряд городов, в том числе Шигацзе. Не встречая сопротивления со стороны тибетских частей и цинских гарнизонов, гуркхи опустошили этот край, разграбили богатейший монастырь Ташилунпо.

В ответ стареющий Хунли и его всесильный фаворит Хэшэнь направили в Тибет 70-тысячную армию под командованием Фукананя. В 1792 году она вытеснила гуркхов из Тибета. Те, отчаянно обороняя горные перевалы на границе Непала, нанесли поражение цинским войскам при форсировании реки Тади по подвесному мосту. Тем не менее, Фукананю удалось одержать ряд побед, глубоко вторгнуться в пределы Непала и подступить к Катманду. С юга гуркхам угрожали английские войска. Непальская сторона в этих тяжёлых условиях предложила переговоры, на что Фуканань охотно согласился. По заключённому в 1792 году договору непальский правитель обязался не нарушать границ Тибета, вернуть награбленное, и признал себя «данником» Цинской империи.

Победу над Непалом в 1792 году Хунли и Хэшэнь использовали для укрепления в Тибете маньчжурского диктата. Цинские наместники получили право участвовать в назначении и смещеии минстров и чиновников, в контроле над финансами и инспектировании границ, то есть были поставлены в равное положение с далай-ламой и панчэн-ламой. Внешние связи Тибета, в том числе переписка далай-ламы с соседними странами, также оказались в руках цинских наместников. По мнению части авторов, маньчжурские резиденты превратились из контролёров в соправителей далай-ламы и панчэн-ламы. Резко увеличилась численность гарнизонов, состоявших из монгольских и китайских частей. Всё это окончательно поставило Тибет под власть маньчжуров. Опасаясь иностранного влияния в Тибете, цинские императоры осуществляли политику его изоляции от внешнего мира. По мнению других авторов, цинские императоры были связаны с высшими тибетскими иерархами отношениями чой - йонг , и перечисленные меры были помощью в управлении и обороне, а не включением Тибета в империю Цин. Такой точки зрения придерживались и сами тибетцы в цинское время.