Тибет не устанавливал политических связей с китайской династией Мин (1368-1644 гг.). В 1642 году Великий Пятый Далай-лама с помощью своего монгольского патрона Гушри-хана стал высшим политическим и религиозным правителем Тибета. С этого времени тибетцы стали считать его своим Гонгса Ченпо , Высшим Правителем . Пятый Далай-лама не только поддерживал близкие взаимоотношения с монголами, но у него также были тесные связи с маньчжурским императором (1639 г.) и с его наследником, Шунци, который покорил Китай и основал династию Цин (1644-1911 гг.).

В 1653 году Пятый Далай-лама побывал с государственным визитом в Пекине по приглашению первого императора династии Цин Шунци. В качестве беспрецедентного знака уважения маньчжурский император проделал четырехдневное путешествие за пределы своей столицы, чтобы принять тибетского правителя и высшего духовного лидера центрально-азиатского буддизма. При этой встрече Пятый Далай-лама и маньчжурский император одарили друг друга высокими титулами.

Далай-лама согласился стать духовным наставником маньчжурских императоров и взамен принял их покровительство и защиту. Эти отношения священника и патрона , которые Далай-лама также поддерживал с некоторыми монгольскими принцами, были единственными формальными узами между тибетцами и маньчжурами на протяжении правления династии Цин. Само по себе это никак не влияло на независимость Тибета.

На всем протяжении правления династии Цин отношения между Тибетом и маньчжурскими императорами не выходили за рамки отношений священник-патрон . Маньчжурский император с готовностью откликнулся на просьбу помочь изгнать вторгшихся джунгарских монголов и сопроводить только что обнаруженного Седьмого Далай-ламу в тибетскую столицу (1720 г.).

Маньчжурские войска еще три раза входили в Тибет в XVIII столетии, один раз — чтобы защитить Тибет от вторгшихся горкхов из Непала (1792 г.), и еще два раза — чтобы восстановить порядок после гражданских войн (1728 и 1751 гг.). Каждый раз они приходили по просьбе тибетцев. Эти экспедиции позволили маньчжурскому императору установить свое влияние в Тибете. Император послал в столицу Тибета Лхасу своих представителей, и некоторые из них пытались оказать влияние на тибетское правительство. В тот период, когда маньчжурское влияние на Тибет достигло своего пика (а этот период продолжался несколько десятилетий) отношения между двумя странами представляли собой отношения между сильной державой и страной, находящейся под ее протекторатом. Таким образом, независимость более слабого государства вовсе не затрагивалась. Тибет никогда не был частью маньчжурской империи и, тем более, Китая, продолжая поддерживать собственные отношения с соседними странами.

После этого маньчжурское влияние в Тибете быстро пошло на убыль, и маньчжуры уже не могли участвовать в войнах, которые Тибет вел с захватчиками из Джамму (1841-1842 гг.), Непала (1855-1856 гг.) и Британской Индии (1903-1904 гг.). К середине XIX столетия роль маньчжурского императора (и, соответственно, роль его представителя) стала исключительно номинальной.

Беспрецедентное вторжение маньчжурских войск в Тибет в 1908 году стало поворотным пунктом в отношениях Тибета и маньчжурского императора. Прежде императорские войска приходили в Тибет лишь по просьбе Далай-ламы или тибетского правительства. Но в этот раз маньчжурский император попытался установить контроль над Тибетом с помощью силы, и сделано это было, главным образом, для противодействия усиливающемуся британскому влиянию в Тибете. В 1910 году Далай-лама XIII бежал в соседнюю Индию, но оккупация Тибета продолжалась недолго.

После китайской революции 1911 года и свержения Маньчжурской династии, имперские войска сдались тибетской армии и вернулись на родину после заключения двух китайско-тибетских договоров, подписанных соответственно в августе и декабре 1912 года. Далай-лама XIII восстановил полную независимость Тибета, выпустив в 1913 году в Лхасе соответствующую декларацию, установив связи с зарубежными лидерами, в том числе с британскими, российскими и китайскими, и подписав соглашение с Монголией.