Цонгкхапа учредил ежегодный религиозный фестиваль, который с тех пор проводится в начале тибетского Нового года (Лосар). Большой молитвенный фестиваль, или Мёнлам Ченмо, и по сей день отмечается в Тибете и тибетских общинах в других странах и является одним из основных религиозных праздников года.

После празднования первого Монлама несколько учеников Цонгкхапы, заботясь о здоровье своего наставника, попросили его сократить количество путешествий. В то время ему было пятьдесят два года. Они предложили построить для него монастырь, и он согласился. Цонкапа обратился с молитвами к образу Будды Шакьямуни относительно места для строительства монастыря и получил указание построить его возле Лхасы, в местечке Дрокри. Монастырь получил название Ганден (Тибетский перевод санскритского «Тушита») — легендарная обитель Будды Майтрейи. Цонгкхапа прибыл на место будущего монастыря с одним из своих учеников — Гэндюндрубом (1391—1474), который посмертно был признан первым Далай-Ламой. Гэндюндруб поручил двум другим ученикам руководить строительством, и основные здания монастыря были возведены за год. Официально монастырь открылся в 1409 году.

Позже Ганден, который был поделён на два колледжа — Шарце и Жангце, превратился в огромный монастырский комплекс, в котором проходило обучение до четырёх тысяч монахов.

Затем в 1416 году Чжамьянг Чойчжэ Траши Пелден основал монастырь Дрепунг. Было время, когда в нём имелось семь отделений, но позже они слились и образовали четыре: Лосэлинг, Гоманг, Дэянг и Нгагпа. В наши дни существуют лишь два: Дрепунг Лосэлинг и Дрепунг Гоманг.

Другой духовный последователь Цонгкхапы Джамчен Чёдже Шакья Йеше основал монастырь Сэра в 1419 году. Сера первоначально состоял из пяти колледжей, которые впоследствии объединились в два — Сэра-Чжэ и Сэра-Мэ.

Гьялва Гендун Друп, Первый Далай-лама, в свою очередь, стал основателем монастыря Ташилунпо в Шигацзэ в 1447 году. Позже этот монастырь стал резиденцией Панчхэн-Лам, которые являются вторыми по значимости духовными иерархами Гэлуг.

Нижний тантрический колледж Гьюдме был учреждён Дже Шерабом Сангье в 1440 году, а Верхний тантрический колледж Гьюдте основал Гьючен Кунга Дондуп в 1474 году.

В расположенных в окрестностях Лхасы монастырях Ганден, Дрепунг и Сэра в период их расцвета обучалось более пяти тысяч монахов в каждом. При этом, по меньшей мере, по пятьсот человек получали духовное образование в тантрических колледжах. В эти учебные заведения стекались юноши из всех трёх-четырёх провинций Тибета, чтобы получить в них монашеское образование и заняться духовной практикой.

В 1577 году на месте рождения Цонкапы в тибетской провинции Амдо (ныне провинция Цинхай, КНР) был основан монастырь Кумбум, а полтора века спустя монастырь Лабранг (ныне на территории провинции Ганьсу). Лабранг, где находятся шесть буддистских институтов, и по сей день играет важную роль как образовательный центр Гэлуг.

Ганден, Дрепунг и Сэра стали тремя главными монастырями школы Гэлуг и на протяжении столетий служили оплотом всей линии преемственности традиции Цонгкхапы. В 1959 году в монастыри вторглись китайские войска, а Ганден был практически полностью разбомблен. Однако традиция Гэлуг продолжает динамично развиваться даже после репрессий времён Культурной Революции. Основные монастыри — Сэра, Дрепунг Лосэлинг, Дрепунг Гоманг, Ганден и Ташилунпо, — а также тантрический колледж Гьюдмэд, были восстановлены в Индии, в различных тибетских поселениях в Карнатаке. Тантрический колледж Гьюдте вновь открылся в Бомдиле, штат Аруначал Прадеш. С начала 80-ых годов на территории Китая также наблюдается активное возрождение тибетских буддийских традиций. Многие монастыри и храмы были восстановлены, переданы религиозным общинам и сейчас вновь ведут активную деятельность.

Традиция Гэлуг сегодня

Традиция философского и медитативного образования, основанная Цонгкхапой, продолжает своё развитие и в наши дни — в гэлугпинских монастырях, вновь открытых тибетскими беженцами в Индии, в центрах тибетского буддизма по всему миру, а также и в самом Тибете. В России буддизм школы Гэлуг получил распространение ещё несколько столетий назад в Бурятии, Калмыкии и Туве, и сегодня возрождается — во многом благодаря неустанным трудам тибетских учителей.