Монгольский правитель Чингиз-хан и его наследники покорили обширные территории в Азии и Европе и создали одну из самых больших империй, когда-либо существовавших в мире. В 1240 году принц Годен отправил экспедицию в Тибет и пригласил одного из ведущих тибетских религиозных лидеров, Сакья Пандита Кунга Гьялцена (1182-1251 гг.) к своему двору, что положило начало продолжительным тибетско-монгольским отношениям. Кублай-хан, ставший правителем после Годен-хана, принял тибетский буддизм и Дрогон Чогьял Пхагпа, племянник Сакья Пандиты, стал его духовным наставником. Эти отношения чо-йон (священник-патрон) привели к тому, что Кублай-хан сделал буддизм государственной религией своей империи, и Пхагпа стал наивысшим духовным авторитетом в этой империи. В благодарность Кублай-хан в 1254 году сделал своего тибетского наставника правителем всего Тибета, даровав ему разнообразные титулы.

Невозможно отрицать, что влияние монгольских императоров распространялось и на Тибет. Но, вопреки утверждениям Китая о том, что в середине XIII века Тибет официально вошел в состав территорий китайской династии Юань , ни один из монгольских правителей никогда не предпринимал попыток напрямую руководить Тибетом: Тибет даже не платил налогов монгольской империи, и, конечно же, монгольские императоры никогда не считали его частью Китая.

Тибет разорвал политические отношения с монголами в 1350 году, когда Пхагмо Друпа унаследовал главенство над школой Сакья в Тибете. Через восемнадцать лет после этого китайцы освободились от монгольского правления, обрели независимость и установили династию Мин.